Los documentos HTML se componen de distintos objetos y cada uno de estos tiene propiedades, lo que hacen los navegadores web para poder interpretar la información es utilizar DOM (Document Object Model).

Esto significa que el código HTML está representado con un árbol de objetos junto a sus propiedades, que se crea en tiempo real desde el momento que el navegador web empieza a leer el código.

Pero y como responde esto la pregunta?

Si los enlaces los colocamos en la cabecera de la página web, el navegador deberá descargarlos y leerlos en el momento que los encuentre, en cambio si los colocamos al pie de página permitiremos que se muestre de primero la información al usuario, después se cargan las funciones Javascript.

Problemas y aspectos a tener en cuenta

Es recomendable hacer esto únicamente con enlaces Javascript, porque si hacemos lo mismo con CSS el usuario observará la página web en blanco, de primero se cargarán otros elementos como imágenes o videos y tardará bastante tiempo.

También es necesario recordar que no es válido colocar un enlace Javascript en el cuerpo del documento, estos deben de ir siempre entre las etiquetas de la cabecera de página (según W3C) y es necesario respetar dichos estándares porque fueron la base para desarrollar los navegadores web antiguos como IE (bueno, los desarrolladores de IE viven en su propio mundo), es decir, es un riesgo en el tema de compatibilidad de navegadores.

Y por último, si se hace eso en una empresa de desarrollo de software, es necesario informar al equipo que algunas instrucciones que estén en el cuerpo del documento tendrán problemas porque las funciones u objetos al que hacen referencia no existen en ese momento.

Referencias

[http://www.genbetadev.com/desarrollo-web/css-arriba-scripts-abajo-y-otras-recomendaciones-para-optmizar-la-carga-de-paginas-web]
[https://es.wikipedia.org/wiki/Document_Object_Model]
[https://es.wikipedia.org/wiki/HTML]
[https://es.wikipedia.org/wiki/Navegador_web]